El Helicobacter pylori es una bacteria tipo bacilo, que a la coloración del gram es negativa, de estructura helicoidal, de alrededor de 3 iim (micrómetros) de largo y con un diámetro aproximado de unas 0,5 lim, con 4 a 6 flagelos, requiriente de oxígeno, capaz de colonizar el estómago, siendo redescubierta y cultivada en 1983 por Barry Marshall y Robin Warren.
La posible vía de transmisión es fecal-oral u oral-oral ya que la bacteria se ha aislado de la saliva y de las heces, placa dental de los pacientes infectados.
La bacteria tiene la capacidad de colonizar el estómago debido a sus características propias; con sus flagelos y forma de espiral, la bacteria penetra la capa de moco del estómago, y después puede
quedarse suspendida en la mucosa gástrica o adherirse a las células epiteliales por medio de las adhesinas (proteínas fij antes).
Además produce enzimas, entre ellas catalasas, oxidasas y ureasa, esta última es responsable de transformar la urea en amoniaco y dióxido de carbono, neutraliza así el ácido gástrico, y permite que la bacteria cree un ambiente menos ácido que le permita vivir y reproducirse.
El cloruro de amonio y la monocloramina son tóxicos, producen daño mucosal y generan diversos grados de inflamación, erosiones o úlcera.
La bacteria puede ser patógena o comensal en la mayoría de los casos, eso depende de características propias de la bacteria (virulencia) o del huésped.